Hur hittar man det omvända komplementet till en DNA-sekvens?
Det omvända komplementet av en DNA-sekvens betyder innehållet i den motsatta strängen i en DNA-molekyl.
Det omvända komplementet av en DNA-sekvens betyder innehållet i den motsatta strängen i en DNA-molekyl. DNA-molekyler är konstruerade som sådana eftersom varje nukleotid har en komplementär nukleotid på den andra strängen till vilken en icke-kovalent bindning existerar.
Metod 1 av 2: för hand
- 1Spåra genom sekvensen bakåt, med början från den sista nukleotiden i sekvensen.
- 2När du passerar över varje nukleotid, lägg till dess kompletterande nukleotid till nästa rad och börja den kompletterade strängen från vänster sida av sidan. Kom ihåg att guanin (G) binder till cytosin (C) och adenin (A) binder till tymin (T).
Iterera genom sekvensen och använd en hashtabelluppslagning för att konstruera den kompletterande sekvensen.
Metod 2 av 2: programmatiskt (python 2)
- 1Skapa eller acceptera en inmatningsfil. Den här artikeln förutsätter att ingången är i FASTA- format, med en enda sekvens per fil. Följande steg antar också att alla nukleotider är ATGC-baser.
- 2Läs i filen. För FASTA-format:
- Kasta den första raden i filen.
- Ta bort alla återstående nya rader och andra efterföljande blanksteg.
def init (sekvens): med öppen (argv [1]) som ingång: sekvens = "". sammanfoga ([line.strip () för rad i input.readlines () [1:]]) retursekvens
- 3Skapa en hashtabell som kartlägger varje nukleotid till sitt komplement.
komplement = {'A': 'T', 'C': 'G', 'G': 'C', 'T': 'A'} - 4Iterera genom sekvensen och använd en hashtabelluppslagning för att konstruera den kompletterande sekvensen. Vänd den resulterande vektorn.
def omvänd_komplement (seq): baser = [komplement [bas] för bas i seq] baser = omvänd (baser) returbas
- 5Skriv ut innehållet i vektorn. =
resultat = reverse_complement (seq) skriva ut ''. gå med (resultat)
- Om du beräknar det omvända komplementet för hand, se till att dubbelkolla! Det kan vara lätt att sakna ett baspar eller använda fel komplement, speciellt om du läser en lång sekvens på papper.
Läs också: Hur skriver jag en fysiklabbrapport?
