Hur modellerar jag en molekyl med Avogadro-programvara?

Genom Avogadro skulle du kunna välja vilken molekyl som helst att modellera och sedan manipulera den för att bättre förstå den.

Kemi är ett svårt ämne att förstå. Det kräver att begrepp tillämpas på abstrakta saker. Det kräver att du föreställer dig molekylerna och deras strukturer för att kunna tillämpa begreppen korrekt. Således skulle det vara användbart att ha ett program eller en programvara som enkelt kan modellera dessa molekyler åt dig. Avogadro är ett sådant program. Genom Avogadro skulle du kunna välja vilken molekyl som helst att modellera och sedan manipulera den för att bättre förstå den.

Steg

1

Ladda ner programmet. När du laddar ner programmet, följ bara de vanliga nedladdningsmetoderna som används på varje dators operativsystem (Macintosh eller Windows). Du kan ladda ner programvaran från https://sourceforge.net/projects/avogadro/files/latest/download.
2

Kör programmet. Efter nedladdning, klicka och öppna programmet. Det kan ta en minut eller två att ladda, men oroa dig inte eller bli frustrerad och ge det tid.
3

Välj en kemisk molekyl att modellera. För dessa instruktioner börjar vi med något enkelt, en koldioxidmolekyl.
4

Välj dina inställningar. I det här programmet får du välja vad du vill se på modellen. Om du till exempel vill att varje element ska märkas i molekylen, välj alternativet "Etikett" i menyn till vänster med titeln "Visningstyper". Eller, om du vill att dipolmomentet ska visas, välj alternativet "Dipole" i samma meny. Se dock alltid till att alternativet "Ball and Stick" alltid är valt så att dina element dyker upp i programvaran.

Således skulle det vara användbart att ha ett program eller en programvara som enkelt kan modellera dessa molekyler åt dig.
5

Avmarkera alternativet "Justera väten". Alternativet "Justera väten" lägger till väten till alla molekyler som tillsätts, och det behövs därför inte när man gör en koldioxidmolekyl. Det är också bättre att alltid avmarkera det här alternativet eftersom att lägga till vätena själv ger dig mer kontroll över positionen och deras ordning i molekylen i motsats till att programvaran lägger till den som standard.
6

Klicka på rullgardinsmenyn i elementavsnittet och välj kol. Den här rullgardinsmenyn är den som vi kommer att använda för att lägga till alla element vi behöver under hela processen. När du har valt kol, klicka var som helst i det svarta ritningsområdet för att elementet ska dyka upp.
7

Upprepa det sista steget, men välj syre från menyn. Klicka sedan på det svarta ritningsområdet och dra mot kolet tills båda elementen är anslutna och har en bindning som förbinder dem. Upprepa detta steg för den andra syreatomen.
8

Ändra "obligationsorder". En CO2-molekyl har en dubbelbindning, och för att ändra obligationer, klicka bara på Bond Order rullgardinsmenyn och välj "Double". Klicka sedan bara och dra mellan elementen som har dubbelbindningen mellan sig. I CO2-fallet, klicka och dra från syret till kolet och bindningarna ändras från enkel till dubbel.
9

Från optimeringsmenyn väljer du optimera geometri. Dessa funktioner anpassar din molekyl till den bästa molekylära formen baserat på kemiska egenskaper hos din modell enligt VSEPR-teorin. När du väl har valt den funktionen tar modellen den föredragna och vanliga kemiska strukturen, som är en linjär.
10

Från vymenyn, hitta molekylens egenskaper. För att se viktig information om molekylen, välj "Egenskaper" i rullgardinsmenyn "Visa" och välj sedan "Molekylegenskaper..." Detta ger dig vikten av molekylen, dipolmomentet och annan viktig information som du skulle annars behöver du räkna ut för att hitta.

Alternativet "Justera väten" lägger till väten till alla molekyler som tillsätts, och det behövs därför inte när man tillverkar en koldioxidmolekyl.
11

Från vyn menyn, hitta vinkel egenskaper. Detta alternativ kommer att vara mer användbart med mer komplicerade molekyler där fler element är inblandade. Från samma meny som steg 10, välj "Egenskaper" och välj sedan "Vinkelegenskaper" som ger dig alla vinklar i grader och ger dig toppunkten. Detta kommer emellertid bara att vara korrekt om du såg till att du har optimerat geometrin efter att ha slutfört molekylen.
12

Det är allt! Du har nu byggt en mycket enkel molekyl. Men med denna programvara kommer kemiläxor att vara enkla när du har all information du behöver till hands. Det viktigaste att komma ihåg är att se till att geometrin i din modell är optimerad för att säkerställa att alla egenskaper är korrekta. När du blir mer avancerad kan du manipulera molekylerna för att lägga till krafter, ha dipolmoment, hitta Van Der Waal-interaktioner och andra coola kemiska processer.

Tips

Om du använder en Apple-dator eller bärbar dator, ändra inställningarna så att du kan öppna programmet eftersom det kommer från en "oidentifierad" utvecklare. Oroa dig inte, det här programmet är säkert och när du är klar med att använda programmet kan du ändra inställningarna tillbaka.
- För att göra det, gå till Systeminställningar → Säkerhet och sekretess → Allmänt → klicka på låsikonen längst ned till vänster → mata in ditt lösenord → Tillåt appar som utvecklats från: (det nedre avsnittet) → välj det tredje alternativet "Anywhere" → spara ändra genom att klicka på låsikonen igen. Nu när du startar programmet öppnas det.

Saker du behöver

En dator eller bärbar dator
internet eller wifi
En molekyl att modellera

Läs också: Hur skapar man grundläggande tåglandskap?